Den 1 juli 1991 började Hansabank verka som filial till Tartu Kommertspank (Tartu Commercial Bank). Officiellt inledde Hansabank oberoende verksamheter den 10 januari 1992.

Så snart som året efter öppnade banken sitt första dotterbolag, AS Hansa Liising (Hansa Leasing), som fokuserade på att sälja leasingprodukter. En betydande milstolpe i bankens historia var 1995 då Hansabanks aktier noterades på Helsingforsbörsens I-lista. 1995 öppnade Hansabank också en representation i huvudstaden i grannlandet, Riga, och Hansa Liises dotterbolag, AS Hansa Leasing Lettland, lanserades.

1996 etablerade Hansabank sin närvaro på den största marknaden i Baltikum, Litauen. Till skillnad från Estland och Lettland var det första företaget som inrättades där Hansa Leasing Litauen. Samma år noterades Hansabanks aktier i Frankfurt. Hansabank-gruppen utvecklades i slutet av 1996, då försäljningsenheter Hansabank Estland, Hansabank Lettland och Hansa Leasing inrättades. På grundval av bankens division för finansiella marknader inrättades Hansabank Markets för att täcka de finansiella marknaderna i de baltiska staterna.

1998 markerar perioden för fusioner i bankens historia. I april 1998 slogs Hansabank samman med Eesti Hoiupank och sedan dess har det nya juridiska namnet varit AS Hansabank. I juni 1998 tecknade holdingbolaget i Hansa Leasing Group, Hansa Capital och Hoiupanga Liising (Hoiupank Leasing) ett försäljningsavtal. I september 1998 undertecknade Hansabank Lettland och Hoiupanks lettiska bank Zemes Banka ett fusionsavtal.

Samma år erhöll svenska FöreningsSparbanken (Swedbank) över 50 procent av Hansabanks aktier genom en emission. 2005 presenterade Swedbank ett utköpserbjudande för minoritetsaktieägarna, och idag är Hansabank ett helägt dotterbolag till Swedbank Group.

I juli 1999 öppnade Hansabanks litauiska dotterbolag Hansabankas sina dörrar för kunderna i Vilnius för att komplettera de tjänster som erbjuds av Hansa Leasing Litauen.

I juni 2000 registrerade det lettiska företagsregistret omorganisationen av Ventspils Apvienota Baltijas Banka (UBB Ventspils) som en filial till Hansabank.

Förhandlingarna mellan Hansabank och den litauiska statliga fastighetsfonden som startade 2000 avslutades under andra halvåret 2001 och den 23 april 2001 slöts ett avtal om att köpa 90,7 procent av Lietuvos Taupomasis Bankas mellan Hansabank och fonden. Avtalet trädde i kraft den 1 juni.

I november 2002 tecknade Hansa Capital och EBRD etableringsavtalet för Hansa Leasing Ryssland, som fokuserar på att finansiera de viktigaste områdena i den ryskrelaterade transitsektorn - hamnar och järnvägen.

I oktober 2003 tecknade Hansabanks litauiska dotterbolag Hansabankas ett köpeavtal för att förvärva 100 % av det litauiska livförsäkringsbolaget UAB Lietuvos Draudimo Gyvybes Draudimas (LDGD).

Den 24 september 2004 tecknade Hansabank ett köpeavtal med den ryska Kvest-banken i Moskva. Affären måste få ett myndighetsgodkännanden från Ryska centralbanken och den estniska finansinspektionen.

I december 2004 bildade Hansa Capitals dotterbolag OOO Hansa Leasing ett leasingdotterbolag i Kaliningrad. Företaget hyr industriell utrustning och fordon.

Den 10 mars 2005 hade Hansabank framgångsrikt genomfört förvärvet av den Moskva-baserade OAO Kvest-banken i Ryssland.

Samma år köpte Swedbank 100 % av Hansabanks aktier och Hansabank blir helt en del av Swedbank Group.

Den 15 augusti 2006 går Hansabank in på försäkringsmarknaden när Hansa Property Insurance lanseras.

Hösten 2008 bytte Hansabank i Baltikum namn till Swedbank.